Причините за развитието на афти не са напълно изяснени, но са известни няколко фактора, които могат да допринесат за тяхното образуване. Един от основните фактори е емоционалният стрес, който често се свързва с появата на тези болезнени язви. Стресът може да отслаби имунната система, което прави организма по-податлив на различни инфекции и състояния, включително и на образуването на афти. Травмите на устната лигавица също играят важна роля – дори и малки наранявания, като ухапване на езика или нараняване от твърда храна, могат да предизвикат появата на афти. Хормоналните промени, като тези, които настъпват по време на менструация или бременност, също могат да увеличат риска от образуване на афти.

Освен това, недостигът на определени хранителни вещества, като витамин В12, желязо или фолиева киселина, също е свързан с повишен риск от развитие на афти. Хората с определени автоимунни заболявания, като болестта на Crohn, също са по-податливи на този проблем. Инфекции, като тези причинени от херпес симплекс вирус, също могат да бъдат свързани с появата на афти, въпреки че херпесните язви са различни от класическите афти.